Большим препятствием является облачность, затрудняющая получение ИК информации на внутриконтинентальных водоемах полярных районов и зоны внутритропической конвергенции. В большинстве случаев, известных из литературы, изучаются снимки, полученные в безоблачные дни, а в дневное время для исключения облаков используется совместный анализ ИК информации и синхронных телевизионных изображений. Облачность распознается по относительно низкой температуре излучения, а также по сравнительно быстрой смене деталей картины и их перемещению, связанному с облачностью. Для облачности часто характерна грядовая структура радиационной температуры, в особенности для облачности конвективных форм. Низкая облачность или туман Над водоемами распознаются значительно сложнее, однако и в этом случае они определяются по деталям, связанным с пересечением береговой линии. Совместный анализ изображений с полярных и геостационарных спутников позволяет оценивать влияние облачности на радиационную температуру: с полярных спутников одна и та же картина видна дважды в день под заметно разными углами, с геостационарных спутников, хотя и с меньшим пространственным разрешением, чем с полярных, имеется возможность длительного наблюдения за полем радиационной температуры и его трансформацией в пространстве и времени.