Одни методики имеют относительно малую точность измерений, другие отличаются недостаточным пространственным разрешением, у третьих мала обзорность, т. е. пока отсутствует универсальный метод, пригодный в любых условиях. Опыт сопоставления данных дистанционных и судовых наблюдений показывает, что необходим критический подход к методам и материалам традиционных судовых наблюдений. В ряде случаев недостатки традиционных методов столь значительны, что использование данных, полученных на их основе, в качестве эталонных при дистанционных наблюдениях неприемлемо.
У дистанционных методов в связи с возможностью их применения для изучения природных вод при их достоинствах (обзорность, быстрота сбора информации) имеется ряд недостатков. Из главных выделяются следующие: 1) маскирующее влияние атмосферы и облачности; 2) относительно малая точность измерений; 3) трудность получения данных, характеризующих условия не только на поверхности, но и в глубине вод.
Маскирующее влияние атмосферы, различное в разных спектральных интервалах, может быть уменьшено, если учесть параметры физического состояния природных вод на борту ИСЗ (или другой летательной платформы) одновременно с характеристиками условий в атмосфере — профилей температуры, концентрации аэрозолей, профилей влажности и др.