Редкие водоросли
Субдоминанты здесь Asterionella formosa, Aulacoseira italica subsp. subarctica, A. distans var. alpigena, Coscinodiscus lacustris. Широко распространены Aulacoseira ambigua, A. granulata, Cyclotella meneghiniana, Fragilaria inflata, F. pinnata, Nitzschia heufleriana. Некоторые из этих водорослей приносятся реками. Влиянием рек объясняется присутствие в осадках этого района значительного количества видов из родов Pinnularia и Eunotia, не характерных для отложений центрального района. В донных отложениях южного района доминируют Aulacoseira islandica, Stephanodiscus astraea var astraea, Asterionella formosa, Aulacoseira italica subsp. subarctica, A. distans var. distans.
Субдоминанты здесь A. ambigua, Tabellaria fenestrata, Fragilaria inflata. Широко распространены Aulacoseira granulata, Stephanodiscus hantzschii, Cyclotella planctonica, C. vorticosa, Diatoma elongatum, Fragilaria construens, F. pinnata, Nitz$chia heufleriana, N. tubicola. Большое разнообразие диатомей южного района определяется влиянием Волхова. В целом доминирующий комплекс диатомей в донных отложениях всех районов представлен истинно-планктонными видами.
Наибольшее разнообразие бентосных диатомей отмечено в районах, подверженных влиянию рек. Диатомеи-обрастатели наиболее многочисленны в мелководных заливах. Большинство ладожских диатомей являются космополитами — видами, обитающими в пресноводных водоемах повсеместно.